L’église a été fermée au culte catholique exclusif de 1562 à 1594 et dédiée au culte protestant ( ou au simultaneum, usage des deux cultes dans la période d’accalmie de 1563 à 1567 ) à l’occasion de la conversion au protestantisme des seigneurs de Chêne-Arnoult, les Lefort. L’église a été à nouveau consacrée au culte catholique exclusif à partir de 1595.
Cette niche est apparue en 1966 par effondrement du muret qui la fermait et a laissé apparaître une petite statue en bois polychrome de la vierge Marie qui a disparu depuis lors. On peut imaginer que cette statue a été enfermée et cachée dans cette niche lorsque l’église a été convertie en temple protestant, le culte rendu à la vierge Marie n’étant pas pratiqué par les protestants.